从审计监督的角度看，目前查处“小金库”最感棘手的是现行法规依据不明确、不适合，处理处罚标准过轻，达不到惩戒目的，且容易导致审计风险。

根据审计署办公厅《关于小金库行为适用法规问题的批复》（审办法发[2001）30号）的答复，审计机关对审计中发现的设立“小金库”行为实施处罚，可以根据国办发[1995）29号文件定性，对该种行为实施处罚，则要依据《国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》的有关规定，或者《审计法实施条例》第52条、第53条的规定。但难以操作的是：

（一）“小金库”违纪的处理处罚依据与定性依据是脱节的。依据29号文件定性为“小金库”违纪后，在《暂行规定》的有关规定和《实施条例》的有关条款里根本找不到针对“小金库”违纪性质相适合的明确规定。事实上，国务院1987年发布实施的《暂行规定》，并未设定有关“小金库”违纪行为的处理处罚条款，国务院办公厅1995年又下发关于清理“小金库”有关问题的通知，即国办发[1995）29号文件。简言之，《暂行规定》根本不适合作为查处“小金库”违纪的法规依据。

（二）依据《暂行规定》和《实施条例》所处理处罚的仅仅是与“小金库”违纪并存的另外的违纪行为，而不是“小金库”违纪本身。而“另外的”违纪行为一般都有明确的定性依据，我们不把它定性为“小金库”，一点都不影响依法处理处罚。那么按29号文件把问题定性为“小金库”违纪就失去了意义，显得多此一举。

（三）对于大量存在的单一的私设“小金库”行为，既没有违法所得和应当缴纳或者上缴的财政收入，也未侵占国有资产等的情况，如以营业收入或其他合规收入或虚列支出形成的“小金库”，依据《暂行规定》和《实施条例》则很难处理。因为按照这两个法规，只能做调整账目处理，即纳入账内核算，虽可生搬硬套《实施条例》第53条处以5万元以下的罚款，但具体裁量难以掌握。当“小金库”发生额特别巨大时，显然处理处罚偏轻。既无法考虑“小金库”发生额的大小，也不能区分其支出事项的违规和危害程度。如此处理处罚“小金库”违纪，很难说得上处理恰当。相比较而言，远不如原来按29号文件规定的标准处理效果好。